本发明属于程序上注领域，具体涉及一种卫星高光谱相机的程序上注系统及方法。该系统主要包括FPGA模块、程序上注模块、程序刷新通信接口模块、内部通信总线接口模块和SDRAM存储模块；FPGA模块的第一接口通过程序上注模块与外部的综合电子分系统连接，第二接口通过内部通信总线接口模块与下位机控制模块CPU连接，第三接口通过程序刷新通信接口模块与待程序上注的卫星高光谱相机连接，第四接口与SDRAM存储模块连接。本发明的程序上注系统基于FPGA模块，并采用SDRAM存储模块对上注程序进行存储，性能稳定、可靠性高、上注程序速度可达100Mbs、容量可达1G，满足卫星高光谱相机分系统需求，而且成本较低。